بدأت كلية الهندسة بإنشاء ستة أقسام: الهندسة المدنية، الهندسة الميكانيكية، الهندسة الكهربائية، الهندسة الكيميائية، الهندسة الصناعية والهندسة المعمارية. وقد وافقت الهيئة المرخص لها (وزارة التربية والتعليم العالي (المؤسسات الخاصة ومجلس التعليم العالي للمؤسسات العامة) على جميع البرامج المذكورة أعلاه عن طريق. وزارة التربية والتعليم العالي قرار 9683 وبتاريخ 5/8/1426. حتى الفصل الأول من عام 2007 بكالوريوس العلوم في برامج الهندسة المدنية يقيمون في قسم الهندسة المدنية. وقد تخرجت أول مجموعة من طلبة الهندسة المدنية في عام 2012.

قسم الهندسة الكهربائية هو واحد من ستة أقسام مختلفة في كلية الهندسة بجامعة الملك خالد. يقدم قسم الهندسة الكهربائية برنامج ذو مسار رئيسي واحد وهو "البكالوريوس في الهندسة الكهربائية" ، وهو البرنامج المعتمد من قبل وزارة التعليم العالي في 05/08/1426. مدة البرنامج خمس سنوات مقسمة إلى عشرة مستويات : يتم اعتبار المستويين الأول والثاني سنة تحضيرية قبل تعلم المقررات الأساسية بالقسم.

قسم الهندسة الصناعية في كلية الهندسة يقدم برنامج للحصول علي درجة "بكالوريوس العلوم في الهندسة الصناعية" وهو أحد الفروع الهندسية التي تنشد تحقيق الحلول المثلى من العمليات المعقدة أو النظم الهندسية والمنظمات. ويهدف البرنامج أساسا القضاء على هدر الوقت والمال والمواد وساعات العمل وغيرها من الموارد التي لا تولد قيمة. ولذلك اصبحت الهندسة الصناعية مجالا مهنيا واسعا يهتم بدراسة وتحليل وتصميم وإدارة النظم والعمليات المتكاملة لتنظيم الموارد الأساسية فى الإنتاج - البشر والمواد والمعدات والمعلومات - لتحقيق أهدام محددة.

لقد استفادت المملكة العربية السعودية من موارد طبيعية هائلة استفادت من تنمية البلد وشعبه. وبفضل هذا التوسع الهائل في مشاريع التطوير والهندسة، برزت الحاجة إلى وجود قسم الهندسة الكيميائية في جامعة الملك خالد. وتلتزم إدارة الهندسة الكيميائية بتوفير مهندسين كيميائيين مؤهلين تأهيلا عاليا، يمكنهم إجراء بحوث مبتكرة وتقديم الخدمات للمهنة والمجتمع من خلال المعرفة التقنية. وقد أنشئ قسم الهندسة الكيميائية في عام 2007 برساله لتخريج عدد من الخبرات الوطنية. ويتكون قسم الهندسة الكيميائية في جامعة الملك خالد من سبعة عشر عضو هيئة تدريس وحوالي 200 طالب ضمن خمس سنوات للبرنامج.